上海二类医疗器械经营备案可以在上海市市场监督管理局办理，地址在上海市虹口区水电路1321号。

办理流程如下：

1. 填写申请表，并提交以下相关证明材料：营业执照、法定代表人身份证明、经营场所使用证明等。
2. 提交材料后，市场监督管理部门进行审查。
3. 审核通过后，市场监督管理部门会发放二类医疗器械经营备案凭证。

相关证明材料包括：

1. 委托他人办理的，提交授权委托书和代理人的身份证明。
2. 国家药监局要求的其他资料。

在提交申请和相关证明材料时，需要确保资料真实有效，并经过相关人员的核实。具体流程和所需材料建议咨询当地市场监督管理部门。完成备案后，还需要遵守相关的经营和监管规定。