申请上海二类医疗器械经营备案凭证的流程与材料如下：

流程：

1. 准备相关材料。
2. 在上海市食品药品监督管理局网站上进行备案登记，填写申请表格。
3. 将材料提交到上海市食品药品监督管理局进行审核。
4. 材料审核通过后，将领取二类医疗器械经营备案凭证。

具体材料如下：

1. 营业执照复印件。
2. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明复印件以及相关学历、职称证明。
3. 组织机构与岗位职能说明和相关花名册。
4. 经营设施、设备的说明及相关证明（如房屋租赁合同或产权证明等）。
5. 经营产品如为首次经营，需提供相关产品质量合格的证明文件。
6. 相关的电子信息系统软件资料。
7. 其他证明材料，如安全验收评价报告等。

特别注意：对于体外诊断试剂的申请，需要符合特殊规定。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能根据相关法规和具体要求进行，建议咨询相关部门获取具体信息。