上海第二类医疗器械经营备案凭证的办理指南如下：

1. 准备相关材料：
* 营业执照复印件或扫描件。
* 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明复印件。
* 组织机构与部门设置说明。
* 经营范围、经营方式说明。
* 经营场所(租赁合同)的复印件。
2. 备案信息填报：登录上海市市场监督管理局（http://shanghai.marketg.gov.cn/），进入“上海市医疗器械经营企业备案信息系统”界面，填写相关备案信息。
3. 提交申请：填写完备案信息并确认无误后，提交申请。注意，提交的信息将不得修改。
4. 等待审核：系统会显示“您的备案申请已提交，等待审核结果”，等待市场监督管理局的审核结果。
5. 取证：收到取证通知后，前往发证机关领取《第二类医疗器械经营备案凭证》。

申请资料如下：

1. 第二类医疗器械经营备案表和告知承诺书。
2. 营业执照或相关部门核准开办的证明文件复印件。
3. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或者职称证明复印件。
4. 组织机构与部门设置说明。
5. 经营范围、经营方式说明。
6. 经营场所、库房地址的地理位置图、平面图、房屋产权证明文件或者租赁协议（附房屋产权证明文件）复印件。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能根据实际情况有所变化，建议咨询相关部门获取具体信息。