上海第二类医疗器械经营备案凭证的申请流程和具体要求分析如下。

一、申请流程：

1. 登陆上海市市场监督管理局（https://sh.samscu.gov.cn/），点击医疗器械服务专栏，进入医疗器械服务平台。
2. 注册账号并登录平台。
3. 准备相关材料，上传《第二类医疗器械经营备案表》（电子档）；营业执照复印件；法定代表人、负责人或者委托代理人身份证复印件。
4. 在平台中提交申请并按照要求将相关材料纸质版递交至各区负责部门（或市场监管局），或者邮政快递（建议使用EMS）。
5. 等待审核结果，如无异议即可获得备案凭证。

二、具体要求分析：

1. 申请材料：需准备齐全完善的申请材料，包括备案表、营业执照复印件、法定代表人、负责人或代理人身份复印件，确保申请过程无遗漏。
2. 经营范围：在申请前需明确经营范围，根据所需经营的产品目录提交申请，同时需注意产品注册证的有效期。
3. 质量管理：需建立完善的质量管理体系，确保产品的质量和安全。
4. 风险等级：根据产品的风险等级，严格执行相关法规规定，对于高风险产品需特别关注其经营过程，确保合规经营。
5. 依法纳税：需按照相关法规依法纳税，遵守相关税收政策，避免违规行为。
6. 其他要求：还需关注所在地区的其他相关法规和政策，如环保、安全生产等方面的规定，确保经营活动的合规性。

总的来说，上海第二类医疗器械经营备案凭证的申请流程和具体要求相对清晰，申请人需严格按照要求准备申请材料，并遵守相关法规和政策，以确保顺利获得备案凭证。