上海二类医疗器械经营备案凭证的申请可以通过以下步骤进行：

1. 确定公司的类型，并提交相应的申请材料。根据上海的有关规定，应该确定公司的类型为有限责任公司或者个体工商户，并准备好相关的申请材料，如身份证明文件和工商部门的zhidingshouquan委托书。
2. 准备好公司的相关信息，包括公司的经营范围、经营场所和人员等信息。
3. 登陆上海卫生监督公共服务平台进行备案，填写备案申请的相关信息并提交给发证部门。该平台需要预先注册账号和密码。
4. 提交申请材料，包括公司相关证件、委托书、产品备案凭证、营业执照和复印件等。在提交申请材料前，建议仔细检查信息的完整性和准确性。
5. 等待发证部门审核材料。审核通过后，将获得二类医疗器械经营备案凭证。
6. 领取证书并妥善保存该证书，以便在检查时使用。

在申请过程中，可能还需要了解相关的法律法规和规定，确保符合所有要求。具体的流程和要求可能因地区而异，因此建议在申请前咨询当地卫生部门或相关机构。同时，为了提高申请效率，建议提前了解所需的材料和流程，并尽可能准备好所有所需的文件和信息。

以上内容仅供参考，建议咨询相关专业机构获取具体信息。