上海二类医疗器械许可证的办理指南和详细流程材料如下：

办理指南：

1. 登陆上海市市场监督管理局（网址：http://shanghai.gov.cn/）的官网，进入“行政许可服务”专区，选择“在线办理”，搜索“第二类医疗器械经营备案”，并点击“在线办理”。
2. 进入办理页面后，填写申请信息并上传相关材料。
3. 提交申请，并等待审核结果。

详细流程：

1. 准备相关材料，包括营业执照、法定代表人身份证、委托书（如果有）、场地使用证明、租赁合同、SFZ或营业执照复印件等。
2. 前往上海市市场监督管理局浦东、虹口、奉贤等分、局办事大厅窗口提出申请，并提交相关材料。
3. 提交申请后，等待审核结果。如果审核通过，需要缴纳相关费用。
4. 完成缴费后，等待许可证发放。

材料：

1. 第二类医疗器械经营备案表/申请表。
2. 营业执照和组织机构代码证复印件（加盖公章）。
3. 法定代表人、企业负责人身份证明复印件。
4. 代理人身份证、上岗证及企业质量负责人的任职文件（加盖公章）。
5. 经营场地、库房地址的证明文件（租赁合同或房产证等），以及设施设备清单。
6. 质量管理文件及相关信息管理系统说明。

以上是上海二类医疗器械许可证的办理指南和详细流程材料，供您参考。具体办理过程可能因实际情况而有所不同，建议办理前咨询相关部门获取详细信息。