上海二类医疗器械许可证的办理指南和流程资料如下：

办理指南：

1. 确定公司注册地址，并取得相应的办公和经营场地证明。
2. 准备相关人员疫苗接种证明和身份证。
3. 确定申请产品，并向相关部门提交医疗器械经营许可申请。
4. 提交符合要求的申请材料，包括公司工商营业执照、法定代表人身份证、申请人的学历或职称证明等。
5. 完成申请资料的填写和提交，支付服务费用和保证金。
6. 配合相关部门完成有关现场审核检查工作。
7. 配合相关部门进行网上审批流程，等待审批结果。
8. 领取第二类医疗器械经营备案凭证。

流程资料：

1. 符合要求的申请材料。
2. 公司工商营业执照副本（原件和复印件）。
3. 公司法人代表身份证（原件和复印件）。
4. 质量管理人员的相关证明（如学历、职称证书等）。
5. 房屋租赁合同复印件。
6. 代理人身份证及本企业受权委托书原件。

完整的流程资料还包括经营场地房产证明、平面图等文件，具体要求可能因上海当地政策法规而异，建议咨询当地相关部门以获取准确信息。