上海二类医疗器械经营备案可以在所在地的区县市场监督管理局办理，也可以通过上海市一网通办办事大厅进行办理。

需要提交的资料包括：

1. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明复印件；
2. 拟备案经营范围、注册地址地址、使用期限；
3. 医疗器械经营企业许可现场验收表；
4. 企业资质证明材料（营业执照等）；
5. 委托办理的，还需提供授权委托书和委托人及被委托人的身份证明材料。

办理步骤包括：

1. 在网上办事大厅上预先申请二类医疗器械经营备案；
2. 按预约时间和地点提交纸质材料，完成现场审查；
3. 登录系统查看办理结果；
4. 如果办理成功，在预约领证时间和地点领取二类医疗器械经营备案。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能根据实际情况有所调整，建议咨询相关部门获取具体信息。