办理上海二类医疗器械许可证需要按照以下步骤进行：

1. 确定公司注册地址，并确保符合相关法律要求。
2. 准备相关文件，包括公司营业执照、法定代表人身份证明、经营场地证明等。
3. 填写并提交医疗器械经营许可证的申请材料。
4. 等待相关部门审核，期间可提出资料补充或更正申请。
5. 审核通过后，相关部门会发放《医疗器械经营许可证》，并领取纸质证书。

具体要求可能会因政策调整而有所变化，建议办理前咨询相关部门或机构，同时寻找专业的法律顾问咨询相关问题。

此外，根据相关规定，二类医疗器械许可证需要满足以下条件：

1. 人员：至少有1名专职质量管理人员熟悉医疗器械相关的法规。
2. 制度：企业的质量管理制度规范且健全。
3. 场地：库房条件良好，有专门的验收养护、不合格药品、退货等区域。
4. 设备：如盘药称等设备齐全。

在申请过程中，需要提交的材料包括：

1. 拟办企业如非本地注册的需提供外商投资企业批准证书。
2. 拟办企业的注册地公安机关出具的企业无重大消防安全事故证明。
3. 质量管理人员的身份证和学历、职称证明。
4. 企业法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历证明、职称证明等相关身份证明。
5. 相关设施设备及注册地地理位置图、平面布置图，包括面积、距离、距离平面图等证明材料。

在申请之前，需要做好充分的准备工作，确保符合所有相关规定和要求。同时可以咨询相关部门或机构，以获得更多具体信息和支持。