上海食品经营许可证网上办理流程如下：

1. 登陆上海市“一网通办”平台，选择“食品经营许可证”申请条目。
2. 填写相关信息，并提交申请。
3. 等待审批，申请人需根据短信提示进入线上审核流程。
4. 打印回单，完成申请。

申请食品经营许可证时需要提交的资料包括：

1. 营业执照或者其他主体资格证明文件的复印件。
2. 经营场所的房屋租赁合同以及复印件。
3. 经营场所平面图。
4. 经营者或者负责人的一寸免冠照片一张。
5. 负责人及食品安全管理人员的身份证原件及复印件。
6. 食品安全管理制度文本。

以上信息仅供参考，不同申请类型可能所需资料有所不同，建议咨询相关部门获取准确信息。