预包装食品销售备案凭证的办理流程如下：

1. 申请：申请人向市场监督管理部门提交申请材料。
2. 受理：市场监督管理部门收到申请后，当场或者在五日内决定是否受理。如果申请材料不全，申请人可以在现场申请补齐材料后予以受理。
3. 审查：市场监督管理部门自受理申请之日起，在二十个工作日内作出是否准予许可的决定。
4. 发证：预包装食品销售备案材料符合要求的，予以发放备案凭证。如果申请材料存在虚假、不齐全或不符合法定形式要求的，将不予发放备案凭证，并告知申请人。

在办理过程中，市场监督管理部门可能会进行现场核查，具体请咨询当地主管部门。