办理上海二类医疗器械备案需要准备以下材料：

1. 《医疗器械备案申请表》电子版及打印件。
2. 营业执照和法人登记证等企业身份证明文件。
3. 质量管理体系证明文件。
4. 按照《第二类医疗器械经营监督管理办法》的规定，需要备案的企业还应当提交备案信息表或承诺书。
5. 经营场所、库房地址的证明文件。
6. 经营设施、设备目录。
7. 产品注册/备案证明文件。

具体流程如下：

1. 向所在地设区的市级负责药品监督管理部门提交备案资料。
2. 等待审核结果，如果审核通过，即可获得备案编号。
3. 登录国家药品监督管理局网站查询备案信息，确认是否成功。

需要注意的是，在办理过程中，如果发现材料不实或不符合要求，将会被要求重新报送或撤销申请。办理过程中如有疑问，可以拨打上海市药品监督管理局电话咨询。同时，备案信息应当真实准确，不得虚报、隐瞒。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能因实际情况而有所不同，建议咨询相关部门获取具体信息。