办理上海二类医疗器械备案的实操全流程如下：

1. 准备相关材料：包括公司营业执照复印件、法人代表身份证复印件、医生执业证书复印件、店铺位置平面图等。
2. 登录上海市市场监督管理局网站，点击“办事指南”-“新办第二类医疗器械经营备案”，阅读并同意“用户使用协议”。
3. 根据系统提示填写相关申请信息，并上传相关材料。特别要注意填写公司名称、统一社会信用代码、经营场所地址等关键信息。
4. 选择提交，确认无误后提交申请。
5. 等待审批：系统会提示申请成功并指引前往相应位置查看受理编号，同时会告知审批流程和时限。
6. 现场验收：持有人（委托人）需按照许可部门的要求，准备好验收材料，在规定时间内进行现场验收。验收通过后，备案人将收到通知，并可以选择网上查看验收报告。
7. 领取证书：备案人携带身份证和复印件以及打印好的申请材料到窗口领取二类医疗器械经营备案凭证。

注意事项：

1. 提交的所有材料均需加盖公司公章，并确保材料真实性，否则申请将不予通过。
2. 如果在办理过程中遇到问题，可以拨打上海市市场监督管理局的电话咨询，并积极配合相关部门的现场核查。

以上步骤完成后，即可完成上海二类医疗器械备案的办理。如有更多问题，可以咨询当地市场监督管理局或相关行业协会，以获得更详细和准确的指导。