上海初次办理二类医疗器械经营备案的流程及所需完整资料如下：

一、办理流程：

1. 准备营业执照复印件、法人身份证复印件、二类医疗器械经营许可证申请表等材料。
2. 联系上海市市场监督管理局提交申请，并按照要求进行现场审查。
3. 符合条件的，领取二类医疗器械经营许可证。

二、所需完整资料：

1. 加盖公章和法人签字并盖章的《第二类医疗器械经营备案表》。
2. 营业执照复印件。
3. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或者职称证明复印件。
4. 组织机构与部门设置说明。
5. 经营范围、经营方式说明。
6. 经营地址及库房地址的地理位置图、平面图说明。
7. 经营设施设备目录。
8. 经营质量管理制度、工作程序等文件目录。
9. 经办人身份证明。

在准备上述资料时，需要确保资料真实，且符合相关法律法规和标准。具体流程和所需资料可能会因为不同的情况而有所变化。建议在申请前咨询相关部门，获取更详细的信息。