上海申请二类医疗器械经营备案现场审核流程通常包括以下步骤：

1. 现场核查：相关部门会派专员对申请单位现场审核，主要审核经营场所、设备设施、布局流程等是否符合要求。
2. 资料审核：审核经营许可申请材料、备案材料及相关证明文件是否符合法定形式。

在准备现场审核所需材料时，你需要准备以下材料：

1. 法定代表人、企业负责人的身份证明复印件。
2. 工商部门出具的《企业名称预先核准通知书》或者《营业执照》原件及复印件。
3. 经营场地平面布局图和设施设备布局图，标明周边环境并注明设施设备名称。
4. 经营设施、设备的清单，以及相关证明材料，例如租赁协议、产权证明等。
5. 医疗器械产品供货企业出具的质量信誉承诺书。
6. 相关部门要求的其他材料。

请注意，具体所需材料可能会因实际情况和不同部门而有所差异，建议保持与相关部门的沟通，确保准备的材料齐全、有效。

此外，如果现场审核不合格，你可能会收到整改通知书并要求限期整改，若再次不合格会停业整顿。这时你应该及时与相关部门沟通，了解问题所在，并采取相应措施进行整改。

请在申请前详细咨询专业人士，确保准备的材料符合要求，顺利通过审核。