上海二类医疗器械备案网上申报资料与操作流程如下：

1. 准备企业法人等相关人员签署《医疗器械网络销售信息表》（电子版）和承诺书，加盖公章。
2. 进入上海药品监督管理局官网，找到政务服务栏目，选择医疗器械服务模块，选择第二类医疗器械经营备案（线上办理）。
3. 填写相关注册信息，并完成账户注册。
4. 填写相关公司及人员信息。
5. 根据自身经营情况，按要求上传资料图片，确认无误后完成提交。
6. 备案通过后会有手机短信提醒，可在“上海市政务服务网”或“市局政府网站政务服务”---“医疗器械服务”栏目查询《医疗器械经营许可证》电子证书。

以上步骤仅供参考，如需更多信息，可咨询上海药品监督管理局工作人员。