上海二类医疗器械经营备案新办流程指南如下：

1. 确定公司名称、注册地址、注册资金、业务范围等基本信息。
2. 在上海市市场监督管理局官网上下载并填写《医疗器械经营备案表》和《企业法人营业执照》复印件。
3. 提交相关材料，包括身份证、授权书、房屋租赁合同等证件和复印件。
4. 按照规定，二类医疗器械经营备案需要自原注册之日起十个工作日，但考虑到办理流程的复杂性，建议至少预留一个月的时间，以应对可能的排队和审查期间的问题。
5. 完成现场核查，如果符合要求，将收到成功办理的通知。
6. 领取《医疗器械经营备案凭证》后，需要将该凭证挂在公司的显眼位置。

需要准备的材料包括：身份证、授权书、房屋租赁合同等证件和复印件；填写完整的《医疗器械经营备案表》；申请人的照片、身份证原件、授权委托书以及第二类医疗器械经营许可证申请表等。

具体流程和所需材料可能因实际情况而有所不同，建议咨询相关机构获取详细信息。