上海市新办三类医疗器械经营许可证需要准备以下材料：

1. **《医疗器械经营许可证申请表》**；
2. **经营场所、仓库场所的租赁合同和房产证明文件**；
3. **工商营业执照复印件**；
4. **申请人的身份证复印件**；
5. **法定代表人、企业负责人身份证明**；
6. **企业质量管理规范文件以及相关人员的职称证明；**
7. **申请《医疗器械经营企业许可证》的企业，应当向所在地设区的市级负责药品监督管理的部门提出申请，提交上述材料。

办理步骤如下：

1. 提交申请：将上述材料提交至上海市相关药品监督管理部门，进行申请。
2. 现场检查：相关部门会对申请公司进行现场检查，以确保符合规定。
3. 审核批准：如果检查合格，相关部门会批准并颁发三类医疗器械经营许可证。

注意，具体规定可能有所不同，建议咨询上海市相关部门的负责人，获取具体信息。