办理上海食品经营许可证需要准备的材料包括但不限于以下：

1. 经营者的身份证原件及复印件；
2. 营业执照复印件；
3. 食品安全管理人员身份证及培训资料证明；
4. 经营场所平面布局图；
5. 周边环境图；
6. 经营者或者从业人员的健康证原件及复印件；
7. 经营者或者从业人员的卫生知识培训证原件及复印件；
8. 食品安全管理制度文本；
9. 申请食品经营许可的申请书。

办理流程如下：

1. 申请单位经办人携带本人身份证原件及加盖公章的复印件前往食药监窗口登记申请资料；
2. 申请资料提交窗口工作人员，并领取申请回执单；
3. 等待现场核查，工作人员在1~2个工作日内进行现场核查；
4. 根据实际场景核查结果确定是否发放食品经营许可证。

此外，部分特殊行业如需要提供食品安全管理员考核证明的，需要提前预约安排。建议在办理前详细咨询当地相关部门，确保准备的材料符合要求，以顺利完成办理。