申请上海公司二类医疗器械备案的相关流程和资料可以按照以下步骤进行：

1. 确定公司已经注册好，并且有医疗器械经营资质。
2. 准备相关的文件资料，包括营业执照复印件、法人身份证明复印件、经办人身份证明复印件以及加盖公司公章和法定代表人签字的企业网络医疗器械经营申请表。
3. 前往上海市市场监督管理局主办的上海市食品药品监督管理局官网，提交申请并填写相关信息，根据公司的实际情况填写。
4. 提交完成后，提交相关材料，包括所要求的相关证照、授权书等，以及加盖公章和法定代表人签字后的申请表。
5. 等待审核结果。如果材料不全或有疑问，需要补齐或修改后再提交。

在申请过程中，需要准备以下资料：

1. 产品电子文档。
2. 产品技术要求。
3. 营业执照复印件（与申请公司一致）。
4. 法人身份证明复印件（与申请公司股东一致）。
5. 经办人身份证明复印件（公司加盖公章）。
6. 加盖公司公章和法定代表人签字的企业网络医疗器械经营申请表。

此外，还需要注意以下事项：

1. 申请表上的授权人信息需要与营业执照上的授权人信息一致。
2. 申请表上的经营方式、经营范围、经营项目需要按照公司的实际情况填写。
3. 申请表上的企业名称、注册地址、经营地址、仓库地址需要按照营业执照上的内容填写。

以上信息仅供参考，具体流程和所需资料可能会因为上海当地政策变化而有所调整，建议咨询相关部门获取具体信息。