上海申请二类医疗器械经营备案的流程和申报资料说明如下：

一、流程：

1. 准备相关材料：包括《医疗器械经营许可证申请表》等所有表格，加盖红章，根据申请事项的种类到市局、所领取对应版本申请表格。
2. 网上填写并提交申报材料：将准备好的申请表格等材料在网上填写提交。
3. 现场递交申报材料：医疗器械经营企业通过电话预约后，需携带相关证件到窗口递交纸质材料进行审核。
4. 审核通过后领取许可证：现场递交材料后会进行审核，审核通过后5个工作日内可以领取《医疗器械经营许可证》。

二、申报资料说明：

1. 准备加盖红章的申请表电子版：在办理时必须提供电子版的申请表，必须加盖企业公章。
2. 审核完成后等待5个工作日左右领取许可证：如果现场递交的材料通过当场即可颁发《医疗器械经营许可证》，一般情况下需要等待5个工作日左右领取许可证。
3. 原件和复印件需要盖章：复印件包括变更申请表、承诺书、授权人复印件、变更后营业执照等材料，需要与原件一起加盖公章。

以上流程和申报资料说明仅供参考，建议咨询相关专业机构以获取更准确的信息。