上海新办二类医疗器械经营备案的流程及需准备的资料如下：

流程：

1. 准备相关材料：包括营业执照复印件、法人代表身份证复印件、代理人身份证复印件等。
2. 前往上海市市场监督管理局（或其他区市场监督管理局）办理登记手续，填写申请表格，并提交相关材料。
3. 提交材料后，等待审核。
4. 审核通过后，在市场监督管理局领取二类医疗器械经营备案凭证。

需准备的资料：

1. 加盖企业公章和法定代表人签字的企业法人营业执照复印件。
2. 加盖企业公章和法定代表人签字的企业法定代表人身份证明原件及身份证复印件。
3. 代理人身份证明原件及身份证复印件，以及委托书（授权书）。
4. 经营场所、库房地址的产权证明或租赁合同的复印件。
5. 质量管理文件、风险控制管理制度、进货查验记录制度等。
6. 产品注册证书和生产许可证证书复印件（如相关）。
7. 其他相关材料。

注意：以上材料清单仅供参考，具体以市场监督管理局实际要求为准。办理过程中如有疑问，可咨询当地市场监督管理局获取确切信息。