上海第二类医疗器械经营备案凭证的申请步骤如下：

1. 登录上海市市场监督管理局官网（https://sh.sme.gov.cn/），点击“二类医疗器械经营备案信息系统”进入平台。
2. 仔细阅读并同意相关声明，然后根据提示输入企业相关信息，注册账号并设置密码。
3. 注册成功后，使用注册时填写的账号密码进行登录，进入备案系统。
4. 点击“备案信息填报”，根据实际情况填写相关信息，完成备案信息的提交。
5. 上传相关证照（营业执照、公章等）进行备案。
6. 提交后，系统会进行审核，可查看结果。
7. 如审核通过，即可进行电子化备案。通过后可打印《第二类医疗器械经营备案凭证》。

注意事项：

1. 填报事项要确保真实、准确、完整。
2. 如填报事项发生变更，需及时更新。
3. 在填报信息时，一定要仔细核对，确认无误后再提交。

如果仍有疑问，可以咨询企业所在地市场监督管理部门。