上海医疗器械三类经营许可证可以在上海市市场监督管理局办理，也可以通过上海市人民政府官网在线办事模块提交申请。具体的办理流程和申报资料可能会根据不同的营业地点和需求有所不同，建议提前咨询相关部门。

办理医疗器械经营许可证需要遵循一定的流程：

1. 准备相关材料。需要准备的材料包括营业执照、组织机构代码、法人身份证、医疗器械技术培训计划等。
2. 提交申请。将准备好的材料提交到上海市市场监督管理局，或者在上海市人民政府官网在线提交申请。
3. 现场验收。提交申请后，相关部门会对营业场所进行现场验收，包括对营业场所的面积、设施、货架、仓库等是否符合相关规定进行审核。
4. 审核批准。如果现场验收合格，会收到准予许可的通知书，此时可以开始进行经营活动。

申报资料通常包括：

1. 有效的企业法人营业执照副本复印件；
2. 组织机构代码证副本复印件；
3. 公司章程复印件；
4. 法定代表人、企业负责人、质量管理人员的相关证件，如身份证、学历证明、职称证明等复印件；
5. 经营范围证明文件复印件；
6. 医疗器械企业经营质量管理制度和组织结构的备案表；
7. Zui近五个工作月的自查报告；
8. 涉及第三方销售的质量管理体系的认证证书复印件；
9. 相关培训和技术指导计划。

以上信息仅供参考，建议咨询相关部门获取具体流程和所需材料。