申请上海医疗器械三类经营许可证的审批要点包括以下几点：

1. 需要提供有效企业资质文件，例如工商营业执照、税务登记证等。
2. 准备医疗器械经营许可证申请表及相关信息，包括企业名称、地址、法定代表人、企业负责人、许可事项等。
3. 经营设施设备和相关文件，例如租赁合同、房屋租赁证、环境检测报告等。
4. 质量管理文件及相关信息，例如质量管理制度目录、操作规程等。
5. 相关部门出具的现场检查考核结论。

具体的申请步骤如下：

1. 向上海相关行政部门递交申请，并按照要求提供相关材料。
2. 按照规定进行公示，公开申办事项，并接受社会监督。
3. 行政审批部门在收到申请后，会进行现场核查，对符合条件的申请人会出具《医疗器械经营许可证》并发放证书编号。

以上步骤仅供参考，建议咨询当地zhengfubumen或相关部门，获取具体信息。