上海医疗器械三类经营许可证的办理流程和所需资料如下：

1. 准备营业执照：申请许可证需要先获取一个企业营业执照。
2. 确定办理形式：可以新设、并购或者委托现有企业申请，根据实际情况选择合适的申请方式。
3. 准备申请材料：包括申请表、法定代表人、负责人身份证明，工商部门出具的预先核准证明，验资证明，公司章程，组织章程以及法律、行政法规规定必须具备的其他条件。
4. 递交申请材料：将准备好的材料送交上海市市场监督管理局相关部门，并按照要求提交至该部门。
5. 审核材料：上海市市场监督管理局相关部门会对申请材料进行审核，如果材料不全，会当场或者在规定时间内告知申请者需要补齐的内容。
6. 审核通过并领取证书：如果材料无误，申请者将会在5个工作日内收到医疗器械经营许可证。

所需材料务必真实有效，具体流程和要求可能因实际情况而有所不同，建议咨询相关部门获取具体信息。