上海申请二类医疗器械经营备案凭证的条件和注意事项如下：

条件：

1. 经营方式符合《医疗器械监督管理条例》相关规定。
2. 有与所经营医疗器械相适应的经营场所、贮存设施。
3. 有与经营规模、经营范围相适应的从业人员。
4. 有与经营的医疗器械相适应的质量管理制度。
5. 有与经营的医疗器械相适应的技术培训、指导和质量管理人员。
6. 符合有关法律、法规、规章规定的其他条件。

注意事项：

1. 办理人员应当提供身份证复印件一份及小2寸证件照2张（近期）。
2. 办理时需要提供公司的营业执照复印件及企业名称和申请编号。
3. 需要提供申请表和委托书，申请表和自查报告书需要加盖公章。
4. 需要提供企业的联系方式和地址，方便现场检查或者网上资料的审核。

此外，医疗器械经营备案凭证办理流程如下：

1. 准备并提交申请材料，包括营业执照、企业名称、地址、经营范围等。
2. 等待上海市药监局的审核通知，审核时间一般为3-5个工作日。
3. 审核通过后，领取备案凭证。

在申请过程中，建议咨询当地药监局部门，他们可以提供更具体和详细的信息。