上海办理二类医疗器械经营备案凭证的流程可以参考以下步骤：

1. 确保公司证件齐全，如营业执照、税务登记证、银行开户许可证等基本证件。
2. 联系上海市市场监督管理局网站，登录“一网通办”进行在线申请。
3. 选择“医疗器械”-“第二类医疗器械经营备案凭证”，填写并提交申请。需要提交的材料有备案申请表、承诺书、授权书、质量管理人身份证明等。
4. 上传附件材料，包括营业执照、列明经营范围内产品的供货证明、产品购销合同、产品质量合格证明、产品风险警示标识等。
5. 等待审核，并缴纳相关费用。
6. 完成审核后，打印申请表并盖章，携带身份证原件及复印件和其他附件材料到上海市市场监督管理局提交纸质材料，工作人员进行现场核验。
7. 如果材料无误，一般5个工作日内即可拿到备案凭证。

在办理过程中，需要注意以下事项：

1. 确保所有材料和信息真实，一旦发现虚假材料，将被列入失信名单。
2. 医疗器械销售需严格遵守国家相关法律法规，不得销售风险等级较高的产品。
3. 需要确保供货证明、产品购销合同、产品质量合格证明等相关材料真实有效，并保留相关凭证以备查。
4. 办理过程中需要确保网络平台的填写正确，提交前可以先保存草稿。
5. 准备好所有需要签名的地方，尤其是法人签名，必须亲自签名，不得代签。
6. 备案凭证的有效期为3年，需要每年按时进行审查。
7. 在拿到备案凭证后，需要张贴在办公室或者仓库显眼的位置。

以上信息仅供参考，如有疑问，可咨询相关部门或者机构获取具体信息。