上海二类医疗器械经营备案凭证申请流程及具体条件如下：

流程：

1. 登陆上海市市场监督管理局（原来食药监的网站）或者上海市政务服务网，选择“医疗器械服务指南”。
2. 下载在线申报的PDF模板。
3. 登陆自建网站填报并提交材料。
4. 准备备案登记申请材料，交到各区市场监管局，具体材料清单会因企业情况而定，建议办理前咨询相关部门。

具体条件：

1. 企业必须满足在上海市行政区域内注册，并取得营业执照。
2. 企业的经营范围必须包括医疗器械销售（二类），且经营范围应与申请经营范围相一致。
3. 企业具有依法经资格认证的医疗器械相关专业技术人员。
4. 企业具有与经营规模和经营范围相适应的储存条件（需要冷藏或常温等设施设备）。
5. 符合上海市场所备案制相关要求。
6. 遵守国家有关医疗器械监督管理的法律法规和规章。

以上信息仅供参考，如有疑问，可咨询相关工作人员获取具体信息。