上海医疗器械经营许可证的申请和办理通常需要按照以下步骤进行：

1. 准备相关文件：包括企业法人营业执照、法人代表身份证、生产设备购置发票、房屋产权证和租赁合同等证件（如涉及）复印件以及申请报告、申请表和流程表中需要填写的相关信息。
2. 在线提交申请：登陆上海市食品药品监督管理局网站，选择“医疗器械服务系统”，进行注册并登录，选择相应的业务，按照流程提示进行操作，将所需资料电子化并提交申请。
3. 提交纸质材料：在线提交申请后，需要按照要求提交纸质材料，到对应的发证窗口进行取号，递交申请材料。
4. 现场审核：提交申请后，会进行现场审核，由药监局审核人员对申请企业进行实地审查。
5. 领取医疗器械经营许可证：根据审核结果，如果符合要求，会颁发医疗器械经营许可证。如果不符合要求，会告知企业具体原因，并要求其进行整改。

在整个过程中，需要注意以下事项：

1. 确保所提交的资料真实、准确、完整。
2. 按照要求填写申请表和相关流程中的表单，尤其是地址、联系方式、设备等信息。
3. 及时跟进审核结果，并在规定时间内领取医疗器械经营许可证。

如果需要更多具体信息，可以咨询上海药监部门。