上海医疗器械经营许可证的申请流程如下：

1. 准备相关材料：包括企业名称和申请证书的详细信息，以及所有相关证照的复印件。
2. 在上海市食品药品监督管理局网站上下载《医疗器械经营企业许可证申请材料登记表》并进行填写。
3. 将填好的申请表和上述申请材料以及相关的申报材料一起上报到上海市食品药品监督管理局。

所需资料包括：

1. 《医疗器械经营企业许可证申请材料登记表》
2. 企业名称和申请证书的详细信息，包括企业名称、地址、负责人、联系方式、营业执照等有关证照复印件。
3. 质量管理人的身份证和职称证书。
4. 销售人员的身份证、学历和职称证书，以及销售人员授权书。
5. 经营设施设备和相关产品管理档案。
6. 申报材料真实性自我保证声明。

请注意，以上所需材料仅供参考，具体内容可能会根据上海食品药品监督管理局的要求而变化，建议咨询相关机构获取具体信息。

希望以上信息对您有所帮助，如果您还有其他问题，欢迎告诉我。