上海医疗器械经营许可证的申请流程和所需材料如下：

办理流程：

1. 申请人向许可部门提出申请，并提交相关材料。
2. 填写《医疗器械经营企业许可证申请表》、《医疗器械经营企业备案表》和其他相关表格。
3. 提交公司的工商营业执照、法定代表人或者负责人资格证明等证件。
4. 进行现场核查，根据实际情况，许可部门会安排人员进行现场核查。
5. 审核通过，领取医疗器械经营许可证。

所需材料：

1. 营业执照、组织机构代码证复印件。
2. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或者职称证明复印件。
3. 组织机构与工作职责的复印件。
4. 经营范围、经营方式说明。
5. 经营设施、设备目录。
6. 经营质量管理制度、工作程序等文件目录。
7. 经办人身份证明复印件和授权委托书原件。
8. 其他材料（根据实际情况而定）

注意事项：

1. 确保所有提交的材料真实有效，一旦发现虚假材料申请，将会被列入黑名单。
2. 现场核查时，请积极配合，确保现场环境整洁、无危险品存放等。
3. 许可证的有效期为5年，到期需按时申请换证。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能因实际情况而有所不同，建议咨询相关部门获取具体信息。