上海二类医疗器械经营备案凭证申请条件包括但不限于以下几类：

1. 需要具有独立的法人资格，如果是分支机构，需取得法人资格且有相关授权。
2. 有保证所经营产品独立储存、销售的设施和合理的储存场所。
3. 有与所经营产品相关并符合相关标准的经营设施以及相适应的质量管理文件。
4. 有符合相关规定要求的进货查验和销售记录制度。
5. 符合国家和上海市的有关法律法规规章规定的其他条件。

上海二类医疗器械经营备案凭证的申请流程包括：

1. 准备相关材料。包括营业执照、法人代表身份证、相关部门验收报告等。
2. 向上海市市场监督管理局提交申请，并按照要求填写申请表及相关材料。
3. 等待上海市市场监督管理局进行审核，并配合完成现场验收。
4. 审核通过后，领取《医疗器械经营许可证》。

具体流程可能因实际情况而有所不同，建议申请者参照上海市市场监督管理局官网上的具体流程和时间要求进行操作。

希望以上信息对您有所帮助，如果您还有其他问题，欢迎告诉我。