上海申请三类医疗器械经营许可证的流程和所需资料如下：

一、流程：

1. 准备相关资料：包括营业执照、法定代表人身份证等证明材料，并刻制相关印章。
2. 办理入驻工商联医疗器械行业协会的会员单位，并取得会员单位开具的入驻申请证明。
3. 填写入驻申请表格，提供相关资料，提交给上海市市场监督管理局申请办理三类医疗器械经营许可证。
4. 等待上海市市场监督管理局进行实地考察，并进行相关准备工作。
5. 许可证颁发后，进行证照的变更手续，并在相关网站进行公示。

二、所需资料：

1. 公司执照、组织机构代码证、税务登记证等相关证件。
2. 公司章程、法定代表人身份证、离职证明(如果更换法人)、授权委托书(如果委托代理)等相关材料。
3. 医疗器械经营许可申请表、现场检查表、产品注册证书复印件等相关表格。
4. 租赁合同和产权证明，如果是自有场地需提供房产证复印件。
5. 特殊岗位人员的资质证明、从业人员的培训材料等质量管理人员的相关资料。
6. 工商行政管理部门核发的预核准名称和经营范围的相关资料。

以上流程和资料仅供参考，建议咨询相关部门获取具体信息。