上海医疗器械经营许可证线上办理流程与申报资料如下：

1. 进入上海市食品药品监督管理局的网站，找到政务服务，选择医疗器械服务许可网上办理。
2. 注册账号并登录选择办理业务。
3. 根据自身情况填写申请信息，上传附件材料。完成上传后，提交预览，确认无误后提交审核。
4. 等待审核，审核通过即可打印领取证书。

申报资料包括：

1. 医疗器械经营许可证申请表。
2. 企业名称和统一社会信用代码。
3. 营业场所的房屋产权证明文件或租赁协议和出租方的产权证明文件。
4. 企业的营业执照或其他法人证明文件。
5. 负责人身份证明及学历或职称证明。
6. 经营质量管理规范的相关文件。
7. 上级公司法定代表人签署授权委托书及经办人身份证明。

注意，办理流程和申报资料会根据实际情况有所变化，建议咨询相关部门获取准确信息。