上海网上申报医疗器械经营许可证的流程及必备资料如下：

流程：

1. 登录上海市市场监督管理局网站。
2. 进入“许可与登记”模块，选择“医疗器械经营许可申请（变更申请）”。
3. 填写申请信息并上传申请材料。
4. 提交申请前请仔细阅读“办事指南”和“申请材料要求”。
5. 提交成功后，系统将自动受理。如申请材料不齐全或者不符合法定形式，应当场一次性告知申请人需要补正的全部内容。
6. 现场递交材料时，应当当场查验是否符合法定形式，并根据需要对材料的内容进行复核。
7. 申请事项依法不属于本审批中心职权范围的，应当即时作出不予受理的决定，并告知申请人向相关审批部门申请。

必备资料：

1. 医疗器械经营许可证申请表；
2. 企业营业执照复印件；
3. 企业股东、法定代表人、质量管理人的身份证、学历证明、职称证明复印件；
4. 组织机构与职能；
5. 注册地址与仓库地址，及相关房屋租赁协议和产权证明等复印件；
6. 经营设施、设备目录；
7. 产品注册证书和产品技术要求复印件；
8. 经办人授权证明及经办人身份证复印件（如果申请企业注册地不在办理机构所在地，则需提供）；
9. 其他证明文件（比如：环保、卫生、劳动（安全）等部门的相关批准或许可证明）。

以上信息仅供参考，具体流程和所需资料可能因实际情况而有所不同，建议咨询相关机构获取具体信息。