上海公司申请医疗器械经营许可证的流程和所需资料如下：

流程：

1. 准备相关资料，包括《营业执照》、《质量管理文件》等。
2. 提交申请，递交给发证部门。
3. 等待审批，审批通过后，会收到相应的许可证。

所需资料：

1. 《医疗器械经营许可证申请表》和《企业营业执照》复印件；
2. 法定代表人、企业负责人的基本情况、身份证复印件；
3. 注册场地的证明文件，包括产权证、租赁合同复印件等；
4. 组织机构与部门设置说明；
5. 质量管理文件目录；
6. 经营范围、经营方式说明；
7. 医疗器械质量管理制度和自查制度等有关文件。

注意：在申请过程中，需要根据实际情况填写申请表，确保所有信息真实准确。同时，需要准备好所有要求的资料，以便顺利申请许可证。

具体流程和资料可能会根据上海当地政策有所不同，建议咨询相关部门获取准确信息。