新办上海医疗器械经营许可证的整个步骤和资料清单包括以下几个步骤：

1. 准备相关资料：营业执照、企业法人营业执照、开户许可证、组织机构代码证、公司章程、房产证复印件或租赁合同和房东身份证复印件、承诺书、申请书等。

2. 网上提交电子资料：进入上海市食品药品监督管理局官网，下载并填写申请表，进行电子签名和提交纸质材料。

3. 现场递交申请材料：需要准备的材料包括：营业执照复印件、企业法人营业执照复印件、开户许可证复印件、组织机构代码证复印件、公司章程、医疗器械经营企业联合申请表、现场核查申请表、自查报告等。同时需要等待审核结果，如果审核通过，就会收到医疗器械经营许可证。

4. 现场核查：在递交完相关材料后，会等待药监部门对申请进行审核，一般会在7个工作日收到现场核查通知，如果审核不通过，需要及时补充材料。

5. 办理完成领取证书：如果审核通过，会领取医疗器械经营许可证，这标志着新办医疗器械经营许可证的完成。

以上就是新办上海医疗器械经营许可证的整个步骤和资料清单。在办理过程中，需要注意各阶段的时间安排，及时补充材料，并按照要求完成现场核查等环节。如有疑问，可以咨询当地药监部门。