上海二类医疗器械经营备案新办流程一般包括以下步骤：

1. 准备相关材料：包括营业执照复印件、法定代表人身份证复印件、申请表格等。需要提前将所有材料按照预审清单准备齐全。
2. 提交材料：将准备好的材料带到上海市黄浦区局递交申请，并递交相关的申报材料。
3. 现场核查：在递交完申请后，相关部门会派专员进行现场检查，并出具检查报告。
4. 备案公示：如果现场核查通过，则会在市局官网上进行不少于5个工作日的社会公示，期间无异议后，即可取得二类医疗备案证明。

在预审资料清单方面，一般需要以下内容：

1. 公司的基本情况，如名称、法人、注册地址、经营范围等。
2. 申请表格：需要填写完整的二类医疗器械经营备案申请表。
3. 公司的资质证明：包括营业执照复印件和法定代表人身份证复印件。
4. 相关部门审核意见：如果公司涉及特殊经营范围，需要提供相关部门的审核意见。
5. 其他相关材料：根据具体情况，可能需要提供其他相关材料。

请注意，以上流程和清单可能发生变化，请以实际为准。办理过程中如果遇到问题，可以咨询专业人士。