上海新办二类医疗器械经营备案的操作流程及提交材料如下：

一、操作流程：

1. 准备相关材料：包括营业执照复印件、法定代表人身份证复印件、申请表格等。
2. 在上海市市场监督管理局网站上下载并填写《第二类医疗器械经营备案申请表》。
3. 准备齐全资料后，提交申请表和有关材料，并递交至上海市市场监督管理局。
4. 等待审核结果，如果审核通过，即可获得备案凭证。

二、提交材料：

1. 《第二类医疗器械经营备案申请表》。
2. 营业执照复印件。
3. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或者职称证明复印件。
4. 组织结构图、各部门工作职责分工明确，符合医疗器械经营质量管理规范的要求。
5. 经营场所、库房地址的地理位置图、平面图。
6. 经营设施、设备目录。
7. 经营范围、经营方式说明。

请注意，以上流程和材料可能有所变化，建议办理前联系相关部门获取最新信息。