上海代理申请二类医疗器械经营备案的流程和所需资料如下：

流程：

1. 准备相关材料：包括营业执照、代理人的身份证、医疗器械经营许可证申请表等。
2. 向上海所在地的药品监督管理部门提交申请。
3. 等待审核结果，如果审核通过，就可以获得二类医疗器械经营备案。

所需资料：

1. 《第二类医疗器械经营企业备案表》5份（电子版需与书面材料原件一一对应）。
2. 企业、法定代表人、质量负责人的身份证复印件1份（校验原件）。
3. 营业执照、企业名称和住所、注册地址和办公地址、经营范围及方式等有关证照（原件或复印件）。
4. 代理人的身份证和授权书。
5. 经营范围及方式有关证明材料（如产品注册证等）。
6. 组织机构与部门设置说明。
7. 质量管理体系说明及文件清单。
8. 商品购销合同执行说明。
9. 其他有关证件、资料。

注意，根据具体情况，所准备的材料可能会有所不同。请务必按照相关部门的要求进行准备。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能因实际情况而有所不同，建议咨询相关部门获取具体信息。