办理上海食品经营许可证，一般需要遵循以下几个步骤：

1. **准备相关材料**。主要包括公司的食品经营许可申请书、营业执照复印件、食品人员的健康证、经营场所平面图、法定代表人或者负责人身份证等证件。需要按照当地政府或者市食品药品监督管理局网站下载或者在办事窗口领取相关表格。
2. **填写申请书**。将所有材料准备齐全后，填写相应的申请书，并将所有资料（可能还需要加盖公章）带到当地的食品药品监督管理局办事窗口进行提交。
3. **接受现场核查**。在提交申请后，食品药品监督管理部门会根据实际情况，决定是否需要现场核查。这时，企业需要积极配合，并提供相应的材料。
4. **领取许可证**。如果申请被批准，一般自申请之日起两个月内，可以领取食品经营许可证，需要去食品药品监督管理局办事窗口领取。

请注意，具体步骤可能会因地区不同而有所差异，请务必参照当地的具体规定。在办理前，也可以向当地相关部门进行咨询，以避免不必要的失误和耽误。