上海食品经营许可证网上申请流程如下：

1. 登录上海市市场监督管理局官网（https://sh.samsco.gov.cn），点击“许可办”。
2. 点击“食品生产许可”板块中的“在线办理”，进入页面后输入账号、密码登录。
3. 根据自身经营情况填写申请信息，提交相应资料。

食品生产经营许可证的颁发和监管请咨询上海市市场监督管理局。办理食品经营许可证，您需要提供以下材料：

1. 《食品经营许可证申请表》
2. 企业名称预先核准通知书复印件。
3. 经营场所使用证明，包括房产证、租赁合同。
4. 负责人及食品安全管理人员的身份证原件及复印件。
5. 食品安全管理制度，包括制度文本和装订成册的纸质材料。
6. 委托办理的，需提供委托书。

以上信息仅供参考，如果您还有疑问，建议咨询办理食品经营许可证的相关部门获取专业指导。另外，您可以提供营业执照上的公司名称和统一社会信用代码在“企信网”查询地址。食品经营许可证办理流程可能因地区规定不同，详情请咨询当地市场监督管理局。