上海申请食品经营许可证的流程和所需资料如下：

流程：

1. 经营业主登录“上海市市场监督管理局”进行用户注册。
2. 填写申请信息，并使用能上网的“电子营业执照”扫码认证。
3. 递交申请材料。
4. 等待局方审核，如果申报材料有误，可在系统后台在线修改。
5. 接到现场检查通知后，按要求整理好相关资料和设备。
6. 食品药品监管局会在20个工作日内做出准予许可和不予许可的决定。准予许可的，食品经营者要在法定检验机构进行检验，检验合格的，颁发食品经营许可证。

所需资料：

1. 《食品经营许可申请书》。
2. 企业营业执照复印件。
3. 自拟的规章制度。
4. 如果委托办理还需要提交委托书以及被委托人的身份证明。

以上信息仅供参考，具体流程和所需资料可能因各地要求而有所不同，建议咨询相关部门获取具体信息。同时，申请食品经营许可证需要一定的时间和精力，请提前规划好时间，并确保准备充足的材料。