上海办理二类医疗器械经营备案的材料和操作流程如下：

一、材料

1. 加盖企业公章和法定代表人签字并盖骑缝章的《第二类医疗器械经营备案表》1份（具体数量以实际要求为准）。
2. 企业营业执照复印件。
3. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或者职称证明复印件。
4. 组织机构与部门设置说明。
5. 经营地址产权证明及租赁合同复印件。
6. 质量管理文件。

二、操作流程

1. 找到当地负责审批的部门，提交申请材料。
2. 提交完成后，耐心等待审批。
3. 审批通过后，即可正常经营。

注意事项：

1. 确保提供的材料真实有效，如实填写。
2. 办理地点可在上海本地宝公众号上查询，或者直接咨询所在地市场监督管理局。
3. 如需他人代办，需提供代办人的身份证明。

具体操作流程和材料可能因实际情况而有所不同，建议提前咨询相关部门，准备好相关材料。