办理上海二类医疗器械经营备案凭证的流程和所需资料如下：

一、流程：

1. 准备相关材料：包括《第二类医疗器械经营企业备案表》和《企业许可证》等电子相片。
2. 向上海市相关政务中心提交资料，提交资料之前需检查资料是否有误。
3. 提交资料成功后，等待医疗器械监督管理部门的审核。
4. 审核过程中，相关工作人员会电话沟通一些具体情况。
5. 如果审核通过，就可以领取许可证了。如果被驳回，需要提供更正后的资料，进行二次提交。

二、所需资料：

1. 加盖公司公章的《第二类医疗器械经营企业备案表》原件（一式两份）。
2. 加盖公司公章和法定代表人签名《企业许可证》（原件或复印件加盖公章）。
3. 营业执照复印件（加盖公章）。
4. 公司章程复印件（加盖公章）。
5. 法定代表人、企业负责人、质量管理人员的相关学历证明、身份证明、职称证明、上岗证等复印件（如职称证明上的姓名、学历、专业等与备案时提供不符，还需提供相关证明材料）。
6. 房产证复印件及经营场所证明文件（如果租赁的，则需要提供租赁合同及房东的房产证）。
7. 质量管理人员的相关学历证明、身份证明、职称证明等复印件并交验原件（如职称证明上的姓名、学历、专业等与备案时提供不符，还需提供相关证明材料）。
8. 相关部门核发的其他证件（如销售蛋白同化制剂、肽类激素、麻醉药品等特殊产品的资质证明文件）。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能根据实际情况有所差异。建议咨询相关部门获取具体信息。