上海二类医疗器械备案流程和申请资料如下：

流程：

1. 准备相关材料：包括《第二类医疗器械经营备案申请表》及电子版、营业执照复印件、法定代表人身份证明等复印件。

2. 将所有材料整理好，递交到所在地食品药品监督管理局。

3. 食品药品监督管理部门会受理申请，并安排人员现场核查。

4. 现场核查通过后，会在食品药品监督管理部门官网进行公示。

5. 审核通过后，会发放医疗器械经营备案凭证。

申请资料：

1. 《第二类医疗器械经营备案申请表》加盖公章。
2. 企业营业执照复印件加盖公章。
3. 法定代表人、企业负责人身份证明复印件加盖公章。
4. 组织机构与部门设置说明。
5. 经营场所、库房地址的地理位置图、平面图。
6. 经营设施、设备目录清单。
7. 委托办理的还需提交出具委托书原件，注明委托事项和有关说明（可选择性提交）。

请注意，具体流程和所需材料可能因实际情况而有所不同，建议咨询相关部门获取准确信息。