上海申办三类医疗器械经营许可证可以去以下三个地方：

1. 上海市市场监督管理局：负责全市三类医疗器械的经营许可证的办理。
2. 上海市浦东新区市场监督管理局：如果注册地址在浦东新区，需要前往该局办理。
3. 上海市各区县市场监督管理局：根据实际情况，也可以前往相应区县的市场监督管理局办理。

流程如下：

1. 准备相关材料：包括企业名称、地址、经营范围、法定代表人或负责人身份证明等。
2. 提交申请：将材料提交至上海市市场监督管理局或者相应区县市场监督管理局。
3. 现场验收：医疗器械经营企业还应当符合医疗器械监督管理条例等法规的规定，具体要求可查询市局网站或咨询相关部门。
4. 审批合格：审批合格后，会核发三类医疗器械经营许可证。

所需材料具体包括：

1. 申请书：包括企业名称、经营地址、经营范围、申请类别等。
2. 营业执照：提供企业法人营业执照或营业执照副本。
3. 证明文件：包括法定代表人或负责人身份证明、房产证明、租赁合同等。
4. 其他相关材料：根据具体情况而定。

总之，办理三类医疗器械经营许可证需要准备充分的材料，并按照流程进行申请和验收，以确保审批合格。如有具体疑问，可以咨询相关部门获取更多指导。