新设上海二类医疗器械经营备案的详细流程及注意事项如下：

1. 确定公司名称、注册地址、经营范围、投资额度等基本信息，提交给相关部门审核。
2. 在上海市市场监督管理局网站上进行企业名称自主申报，下载并填写相应的申请表格，准备相关材料。
3. 提交申请材料，一般包括：营业执照、法定代表人身份证明、授权委托书、相关许可证等。具体要求详见上海市市场监督管理局的官方文件。
4. 等待相关部门审核，一般需要1-3个工作日。审核通过后，相关部门会告知申请人领取二类医疗器械经营许可证的具体时间和地点。
5. 前往相关部门领取许可证，并按照要求进行张贴和备案。

注意事项：

1. 确保所有提交的材料都是真实、准确和完整的。
2. 提前了解相关法律法规和政策，确保经营行为符合法规要求。
3. 按照要求缴纳相关费用，并保留缴费凭证。
4. 保持联系方式畅通，以便相关部门随时联系。
5. 严格按照规定的程序和要求办理手续，避免出现违规操作的情况。
6. 准备好必要的设备和人员，确保经营活动的正常进行。

以上流程和注意事项仅供参考，建议在办理前咨询专业人士。