在上海代理申办二类医疗器械经营备案的步骤与相关资料如下：

步骤：

1. 准备相关资料：包括企业法人营业执照正副本复印件、法人身份证复印件、开户许可证复印件以及GSP认证证书等。
2. 确定好公司经营范围中需要增加的医疗器械经营许可证申请项目。
3. 编写公司申请材料目录，并填写相应的申请表格。
4. 将所有资料提交给所在地市场监督管理局，并提交现场审查。
5. 等待市场监督管理局审核资料，并现场验收。
6. 资料审核通过并验收合格后，领取变更表和申请表。
7. 填写相关的申请表格并连同相关资料提交，等待审批。
8. 办理成功后，领取第二类医疗器械经营许可证，并做好公示和归档工作。

相关资料：

1. 公司营业执照和组织机构代码证的复印件。
2. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或者职称证明复印件。
3. 代理人身份证、学历证明复印件及相关专业培训考核证明。
4. 经营范围中相关经营项目的证明材料。
5. 拟申办的医疗器械经营企业注册地和生产地址的租赁合同、房产证（或产权证明）复印件。
6. 拟构建计算机信息网络系统相关资料。
7. 如果委托他人代理申请，则需要提供代理委托书和被委托人身份证明。

以上步骤和资料仅为一般情况，各地区可能存在差异，具体请参考当地市场监督管理局的相关规定。